沉積的薄膜，經過熱處理可以改善其結構和性能。對于單一金屬薄膜，經過熱處理可使晶格排列較整齊些。對于合金材料和氧化物材料，經過熱處理會使各組分相互擴散，獲得所需的固溶體。熱處理可以部分地消除晶格缺陷，改善薄膜熱穩定性，又可清除內應力，增強薄膜與基片的附著力，同時還可消除膜層中氣體分子的吸附，在薄膜表面生成一層氧化保護層，從而保護膜層免受侵蝕和污染。
    基片的表面狀態對薄膜的結構質量也有很大影響。如果基片表面粗糙度低、表面清潔，則所獲得的膜層結構致密，容易結晶，否則相反，而且附著力也差。
    真空度的高低也直接影響薄膜的結構和性能，真空度低，材料受殘余氣體分子污染嚴重，薄膜性能變差，即使在高真空的情況下，薄膜中也免不了有吸附氣體分子，提高溫度有利于氣體分子的解吸。